菌群研究，科研与转化之路通向何方？| 热心肠日报

今天是第1031期日报。

Nature子刊：菌群领域KOL探讨菌群治疗面临的挑战

Nature Biotechnology[IF:35.724]

① 菌群研究向运用转化，需要充分了解菌群对人体的影响、建立合适的人体或人源化动物模型、使菌群检测标准化并进行深入的临床研究；② 探索菌群与宿主表型之间的因果关系仍然需要大量研究，科学的实验模型验证下，成果转化中可以不拘泥于因果性结论；③ 研究对象应从肠道扩展到皮肤、口腔、肺部等部位，更加关注病毒组，应从基因组研究拓展到蛋白质、代谢物研究；④ 临床转化需要考虑药物动力学、重新定义临床结局并找到指示有效性的标志物。

Translating microbiome futures
2018-11-09, doi: 10.1038/nbt.4287

【主编评语】Global Engage和Nature Biotechnology于2018年5月组织菌群领域KOL对人体菌群研究及转化的未来进行了深入探讨，指出了目前研究的局限性的同时，也提出了一系列具有创新性的观点，对于未来的菌群相关基础研究、临床转化、产品开发等都具有重要参考价值！（@小肠君）

Science子刊：菌群靶向疗法的现状和挑战（观点）

Science Translational Medicine[IF:16.71]

① 肠道菌群影响宿主健康，其靶向干预用于防治疾病，前景和挑战并存；② 调节宿主-菌群互作的干预方法有：益生元和个性化营养等饮食干预、异体和自体粪菌移植、个性化益生菌定制、用噬菌体疗法清除特定菌群成员、靶向特定菌群衍生物、调节肠屏障功能等；③ 目前菌群研究已从描述性向机制性转变，用菌群进行个性化干预和疾病预测是未来焦点，在确认因果性、人体菌群异质性、非细菌成员的作用、研究方法标准化、高质量RCT等方面仍需注意。

Transforming medicine with the microbiome
01-30, doi: 10.1126/scitranslmed.aaw1815

【主编评语】菌群研究进展迅速，诸多疾病的疗法研发开辟了新的道路。为了庆祝创刊十周年，Science Translational Medicine特别刊发系列文章，其中的第一篇出自Eran Elinav团队，讨论了菌群靶向疗法（饮食干预、益生菌、菌群产物、粪菌移植、噬菌体疗法和改善肠屏障）的研究现状、未来方向和挑战，有不少值得参考的观点，特别推荐给刚接触肠道菌群领域的科研和产业人士。（@李丹宜）

Lancet：菌群研究，别忘了3.7亿土著人群

Lancet[IF:53.254]

① 饮食、环境、文化和医疗等人口与地理因素会导致菌群组成的区域差异，进而影响相关疾病的发病率和死亡率；② 微生物组研究对低收入和少数民族的关注不足，可能引发结果偏差，不利于对菌群在人类健康中复杂作用的认知；③ 对菌群如何在世界70多个国家3.7亿土著人群健康中发挥作用知之甚少；④ 由土著研究人员设计和领导的微生物组研究，可以从土著社区错综复杂环境中提供独特视角，而这些都依赖于对土著社区临床案例和专业认知的积累。

Inclusivity and equity in human microbiome research
02-23, doi: 10.1016/S0140-6736(18)33204-5

【主编评语】菌群结构受多种人口、社会因素影响。本评论文指出目前的菌群研究缺乏对低收入、少数民族的关注，其结果自全球范围内很可能缺少普适性，并呼吁关注这一人群的健康以及相关科研投入，值得参考。（@小肠君）

Nature Reviews：类人猿菌群助力人类菌群研究（综述）

Nature Reviews Genetics[IF:41.465]

① 人类与类人猿肠道菌群在门水平相似、种属水平差异大，人的细菌、古菌多样性低于类人猿的现象与现代生活方式有关；② 对比人类和类人猿的菌群，有助于解释基因、环境和社会因素对菌群的影响，阐释人类3种肠型的分化和变迁；③ 类人猿菌群有助于解释宿主遗传背景对菌群的主导作用，阐释饮食、卫生和药物对人类菌群的影响，揭示菌群-宿主互作、共进化现象；④ 类人猿菌群有助于研究不同细菌的直系或横向传播，解释菌群的宿主特异性及动态变化。

A great-ape view of the gut microbiome
01-08, doi: 10.1038/s41576-018-0085-z

【主编评语】人类与类人猿的亲缘关系接近。研究类人猿菌群在多个方面有助于人类菌群结构、进化、功能研究，而且类人猿菌群的多样性、原始性，有望作为菌群库来应对由于现代生活导致的人类菌群多样性流失。本文对于探索人类菌群、阐释菌群-宿主共进化具有重要参考价值。（@小肠君）

Nature子刊：从社会和人口健康科学来理解人类菌群

Nature Human Behaviour[IF:N/A]

① 社会环境，特别是早期生活条件、社会关系和社会经济条件，能够影响肠道菌群的形成过程和最终结构；② 肠道菌群也可以通过调节个体的饮食行为、偏好和选择，潜在地影响个体所在的社会关系和社会环境；③ 对社会和人口健康科学的理解，有助于增强生物学家认识影响肠道菌群组成和人口健康的社会、环境因素；④ 对于社会和人口健康学家来说，关注微生物学的研究可能有助于进一步阐明社会状况与人口健康之间存在的生物学机制。

Social and population health science approaches to understand the human microbiome
2018-10-22, doi: 10.1038/s41562-018-0452-y

【主编评语】目前社会、环境因素对共生菌群的影响还缺乏深入的研究。本评论文阐释了菌群-社会环境因素的互作、潜在互作模式，敦促生物学家与社会/人口学家合作，从而推动从菌群角度出发的健康研究和相应促健康手段，对菌群研究、人类学研究以及改善人群健康具有重要参考价值。（@小肠君）

Nature子刊：人体和建筑内的生物多样性与生态系统功能

Nature Ecology & Evolution[IF:N/A]

① 从生态系统的角度，人体（如肠道和皮肤菌群）和室内环境的生物多样性有助于抵御外来物种入侵，提高对环境扰动和病原体感染的抗性；② 除了竞争、抵抗和稀释等方式，生态系统多样性对病原体的抑制还与多营养级多样性有关，比如：病原体的捕食/寄生者的存在有助于对其的抑制；③ 生物多样性还有助于系统的功能多样化，且二者相互影响；④ 很多日常行为可减少人体和环境的生物多样性，并损害其功能，应保护这些生态系统的生物多样性。

Biodiversity-ecosystem function relationships on bodies and in buildings
2018-12-03, doi: 10.1038/s41559-018-0750-9

【主编评语】生物多样性是生态系统功能的基础。Nature Ecology & Evolution近期发表的评论文章，从生态系统的角度，阐释了生物多样性对人体菌群和建筑物环境的重要性，特别呼吁要加强相关研究，并将维持生物多样性的观念纳入到日常生活行为中。（@李丹宜）

警惕菌群研究被“反疫苗”伪科学团体利用

EMBO Reports[IF:8.749]

① 随着宏基因组学和菌群研究的兴起，传统认为有害的微生物可能不仅对我们有益，更是人体不可分割的一部分；② 反疫苗主义者抓住了这点，质疑疫苗接种是否改善了人类健康，并认为被疫苗清除的某些微生物可能对人体有利；③ 菌群研究正处于初期，很多假设并未得到验证，因而容易被反疫苗主义者歪曲和滥用新数据；④ 为避免这一现象，研究者、卫生界、政府需要齐心协力，扩大讨论微生物在健康和疾病中的作用，重申疫苗的重要性。

The anti-vaccination debate and the microbiome: How paradigm shifts in the life sciences create new challenges for the vaccination debate
01-30, doi: 10.15252/embr.201947709

【主编评语】越来越多研究证实了共生菌群、微生态对人类健康的重要影响，但这一系列成果有可能被伪科学团体利用，用以反对疫苗接种。本文简述了菌群研究成果被错误利用的潜在风险，强调了学界、相关职能部门进行科学引导的重要性，值得相关人士思考和参考。（@小肠君）

菌群代谢物如何参与固有免疫调节（综述）

Current Opinion in Immunology[IF:7.932]

① 微生物来源的短链脂肪酸（SCFA）通过宿主固有免疫与病原体互作，调节肠道上皮屏障功能和炎症；② 多种细胞类型中，抑制组蛋白脱乙酰基酶是SCFA进行炎症调节的共同机制。③ 共生菌和致病菌均产生琥珀酸盐，上皮细胞和一些固有免疫细胞均表达其受体，可能直接参与固有免疫调节；④ 以色氨酸、酪氨酸为代表，肠道菌产生的氨基酸代谢物通过干扰素信号通路、芳烃受体信号通路等协调固有免疫应答；⑤ 次级胆汁酸是感染和伤口愈合的重要免疫调节剂。

Microbiome control of innate reactivity
01-21, doi: 10.1016/j.coi.2018.12.003

【主编评语】微生物代谢物通过介导共生菌群与宿主免疫系统互作来协调肠道稳态。本综述总结了短链脂肪酸、氨基酸代谢物以及次级胆汁酸在调节宿主固有免疫中的作用以及机制，有助于了解微生物代谢产物和宿主免疫系统之间的关系，值得参考。（@小肠君）

感谢本期日报的创作者：张倩，徐笑，米见对，董亚净，祁玉丽，赵梦垚，刘慧恒

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